Paléo et archéobotaniste, Stéphanie Thiébault est une spécialiste de l'analyse de charbons de bois découverts sur les sites archéologiques, l'anthracologie. Entrée au CNRS en 1988, elle est nommée à l'Institut des sciences de l'évolution de Montpellier (CNRS / IRD / Université de Montpellier 2). En parallèle, elle contribue, sur de nombreux terrains, en Méditerranée orientale, Afrique ou Asie centrale, à développer cette approche des relations de l'homme avec son milieu par les reconstitutions des dynamiques de végétations.
D'octobre 2004 à juin 2008, elle préside la section “Hommes et milieux : évolution, interactions” du Comité national de la recherche scientifique. A l'automne 2008, elle est nommée dans la commission mixte destinée à mettre en œuvre le plan stratégique Horizon 2020 du CNRS. Au même moment, elle est nommée Directrice scientifique adjointe au département Environnement et développement durable, devenu Institut écologie et environnement (INEE) du CNRS où elle est notamment en charge des actions transversales, de l'interdisciplinarité et des dispositifs de partenariat en écologie et environnement. En mars 2012, Stéphanie Thiébault est nommée Directrice adjointe de cet institut.