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François Mourgues est ingénieur du Conservatoire national des arts et métiers (Cnam), avec pour spécialité l'organisation du travail et de l'entreprise. Il débute en 1971 en tant qu'ingénieur principal, chef de service au centre hospitalier universitaire (CHU) de Montpellier (34). Il a notamment fait un passage au sein du ministère des Affaires sociales et de la Solidarité nationale de 1982 à 1985. Il a également été directeur du centre hospitalier de Béziers (34) puis de celui d'Alès-Cevennes (30).

François Mourgues est un des membres fondateurs du C2DS.