Depuis 1998, l'Ifremer et la Cité de la Mer sont partenaires notamment pour le développement et l'enrichissement des contenus du site culturel bas-normand : photographies, articles, livres, vidéos, films réalisés par l'Ifremer, etc.
Au programme en 2009 à la Cité de la Mer : l'arrivée du sous-marin habité Cyana utilisé jusqu'à 3.000 mètres de profondeur, a précisé l'Ifremer. Depuis sa mise en service en 1969, il a effectué plus de 1300 plongées à partir des différents navires océanographiques de l'Ifremer. La Cité de la Mer accueillera également du 31 janvier au 30 septembre 2009 une exposition temporaire consacrée aux animaux des grands fonds. En accès gratuit, l'exposition est constituée de près de 40 photographies légendées sur des espèces découvertes par les chercheurs de l'Ifremer lors de campagnes océanographiques sur les dorsales Médio-Atlantique, Pacifique oriental sud-est, depuis les années 1980 à aujourd'hui.