Le projet de piste longue à Mayotte va être présenté au débat public, mais d'ores et déjà, les associations (FNE, les Naturalistes, environnement et patrimoine de Mayotte) s'opposent au projet.
Les partisans du projet regrettent que la piste actuelle ne permette pas de liaison directe Mayotte-Paris pour les long-courriers gros porteurs. Construire une piste de 2.600 m (voire 3.000 m), sur le lagon, pour un coût estimé à 300 millions d'euros permettrait d'offrir cette capacité.
Selon les associations, ce nouvel aéroport n'est pas nécessaire, puisque "Air Austral a acquis deux Boeing B777-200LR capables de décoller à pleine charge de l'aéroport de Mayotte tel qu'il est. La compagnie annonce trois vols par semaine entre Paris et Mayotte à partir du 31 octobre 2011. Corsairfly pour sa part dessert déjà Mayotte avec un aller Paris-Mayotte sans escale. Les rotations vont être portées à trois par semaine. Surtout, la compagnie vient d'annoncer que, sous réserve d'un aménagement très limité de la piste (40 mètres), elle pourra desservir Mayotte avec des Airbus A330-200 capables de décoller depuis la piste existante vers Paris à pleine charge et sans escale."
Les associations redoutent les impacts négatifs sur l'écosystème lagunaire qui découleraient de la mise en place du projet car son emplacement serait situé sur le récif de la barrière de corail.