Les principaux points de désaccord concernent le système de « flexibilité » qui selon la FNAB est mal cadré et peu transparent, la suppression des spécifications nationales supérieures au règlement, la restriction de la communication pour les marques privées et l'absence de limitation du nombre de traitements vétérinaires allopathiques.
La FNAB note par ailleurs plusieurs reculs par rapport à la version précédente du texte, notamment un retour 10 ans en arrière en matière d'étiquetage qui risque d'affaiblir la crédibilité des produits bio auprès des consommateurs.
Ce nouveau règlement cadre devrait être adopté d'ici à la mi-décembre. Or si le Conseil des ministres l'avalise, explique la fédération, cette adoption se fera sans que les opérateurs biologiques n'aient la moindre idée du contenu des futurs règlements d'application qui régiront la bio de demain. De ce fait la FNAB a interpellé le ministre de l'Agriculture, Dominique Bussereau, pour lui demander de ne pas voter ce texte en l'état, et sans que les règlements d'application ne soient publiés.