L'eutrophisation est l'un des plus graves problèmes environnementaux observé. Un excès de substances nutritives dans l'eau de mer tels que l'azote et le phosphore provoque la prolifération d'algues et d'autres végétaux qui appauvrissent le milieu en oxygène. Ces substances sont introduites par les eaux usées urbaines, l'agriculture littorale, la pollution industrielle et les dépôts atmosphériques.
Conscients que les mesures nationales ne suffiraient pas à protéger ce milieu marin, les Etats de la Baltique ont adopté en 1974 la Convention d'Helsinki, entrée en vigueur en 1980 et renforcée en 1992. Ce programme commun d'action globale en faveur de l'environnement de la mer Baltique a répertorié 132 sites et zones particulièrement polluants dans le bassin. ?Sur la liste figurent de nombreuses sources de pollution à la fois urbaine et industrielle, notamment plusieurs grandes villes, qui contaminent la mer Baltique par l'intermédiaire des cours d'eau. Depuis, la situation s'est améliorée grâce à de nombreux investissements. Le nombre de points critiques a ainsi été réduit à 89.
Malgré tout, les conséquences sur la qualité du milieu sont encore bien visibles. Une étude océanographique menée cet été par l'Institut finlandais de recherche marine et l'Institut finlandais de l'environnement témoigne d'une raréfaction de la faune dans le Golfe de Finlande. Les mesures physico-chimiques font état d'une concentration en oxygène très faible dans les eaux profondes. Le mélange vertical des eaux est très limité ce qui provoque une raréfaction de l'oxygène en profondeur au profit d'autres gaz comme le sulfure d'hydrogène. Les concentrations en phosphore ont également augmenté et provoqué la multiplication des algues. Les concentrations en phosphore mesurées cette année étaient dans la plupart des cas plus hautes que celles mesurées l'été passé.
En outre la surveillance biologique de la faune profonde a donné les plus mauvais résultats observés jusqu'à présent. Une faune abondante et diversifiée n'a été trouvée qu'en 4 points d'observation sur les 47 étudiés. Pas moins de 37 points de mesure étaient entièrement exempts d'animaux. Sachant que la faune profonde est un bon indicateur de l'état à long terme du fond de mer et particulièrement des changements du régime de l'oxygène, ces résultats sont inquiétants.
En revanche, les mesures effectuées plus au nord vers les archipels finlandais sont plus rassurantes. L'état de la mer dans ce secteur est toujours considérablement meilleur que celui du Golfe de la Finlande. Même certaines zones habituellement touchées ont montré des concentrations en phosphore plus faible en eau profonde que celles mesurées dans le Golfe de la Finlande. L'état de l'oxygène est bon, la faune est abondante et diversifiée.
Concernant la prolifération des algues, les résultats sont moins mauvais que les années précédentes. Elles sont apparues plus tardivement en période estivale et leur quantité est moindre. En outre des études de toxicité ont été effectuées mais les résultats ne seront édités qu'à l'automne prochain.
De par sa structure la mer baltique est sujette à la stratification thermique des masses d'eau. Ce phénomène, observé le plus souvent dans les lacs, limite le mélange des eaux froides profondes et des eaux plus chaudes de surface. Cette stratification créée des conditions favorables pour l'accumulation du phosphore en profondeur. Pour les chercheurs, un rétablissement plus permanent de la situation est possible seulement si les charges de phosphore et d'azote sont sensiblement réduites dans la mer Baltique entière ce qui sous-entend de limiter encore plus fortement les rejets polluants des activités côtières.