Elle limite par exemple, cette autorisation à une durée de 10 ans renouvelables et introduit un contrôle obligatoire après la mise sur le marché des OGM.
Elle prévoit également une méthode commune d'évaluation des risques associés à la dissémination des produits modifiés et un mécanisme permettant la modification, la suspension ou la cessation de leur dissémination lorsque l'on dispose de nouvelles informations sur les risques encourus.
De plus, ce texte rend obligatoire la consultation du public, l'étiquetage des OGM et l'établissement de plusieurs registres concernant des informations sur les modifications génétiques d'OGM et surtout sur leur localisation.
Mais la transposition correcte et intégrale de la directive est essentielle pour que les mécanismes de sauvegarde produisent leur plein effet et aurait du être achevée pour le 17 octobre 2002 au plus tard. Or la transposition en droits français et allemand n'est que partielle. C'est pourquoi depuis 2002, la Commission européenne rappelle régulièrement à l'ordre les deux Etats membres qui malgré ces avertissements ne semblent pas presser pour se mettre en conformité. Ils sont pourtant sous le coup d'un arrêts rendus par la Cour européenne de justice en 2004 et risquent désormais de se voir imposer le paiement d'une amende.
En février 2005, l'Allemagne a communiqué à la Commission le texte de sa nouvelle législation sur le génie génétique. Ce faisant, elle avait cependant informé qu'un deuxième texte de loi, traitant essentiellement des règles de procédure, devait être adopté pour que la directive soit intégralement transposée. Le gouvernement allemand a récemment confirmé ce n'était pas encore réalisé à l'heure actuelle.
À ce jour, la France n'a que partiellement transposé la directive en droit national et n'a pas précisé quand elle transposerait les dispositions manquantes. Mais un projet de loi doit être déposé par le gouvernement début 2006 au Parlement pour rendre notamment obligatoire la déclaration des mises en culture en France.
L'association Greenpeace qui rappelle que 76% des français se déclarent opposés aux OGM, a profité de l'avertissement de la Commission européenne pour mettre en garde la France contre toute réglementation laxiste en 2006 qui exposerait la population à des risques alimentaires, sanitaires ou environnementaux.
On est inquiet. On craint une loi d'autorisation des OGM plutôt qu'une loi de protection des produits conventionnels, a expliqué Arnaud Apoteker, porte-parole de Greenpeace France à l'agence Reuters. Il accuse également les autorités françaises de s'être déjà rendues complices, cet été, de la plantation de plusieurs centaines d'hectares de maïs transgénique en France, à des fins commerciales et dans le plus grand secret.
Près d'un millier d'hectares d'OGM sont cultivés en secret, avec la bénédiction du gouvernement, avait alerté le quotidien Figaro le 6 septembre dernier. Suite à ces révélations, le ministre de l'Agriculture avait affirmé que ces cultures étaient surveillées. France Nature Environnement a d'ailleurs décidé d'intervenir auprès du Premier Ministre pour contraindre l'État français à créer le registre nécessaire à l'information, au contrôle et à la traçabilité des OGMdemandé par la directive européenne.